Najvišji organ v ZSKSS je Svet Združenja, v katerega vsak steg (lokalna enota) voli 2 predstavnika in ki se srečuje dvakrat letno. V vmesnem času organizacijo vodi 10-članski izvršni odbor pod vodstvom načelnice in načelnika:
- Načelnica: Barbara Pavlakovič
- Poverjenica za mednarodne odnose: Tadeja Zajec
- Poverjenik za mednarodne odnose: Boris Fartek
- Poverjenica za program: Nina Milenković Kikelj
- Poverjenik za program: Žiga Kovačič
- Poverjenica za usposabljanje voditeljev: Irena Mrak Merhar
- Generalni duhovni asistent: Aleksander Koren
- Poverjenik za gospodarstvo: Luka Kovak
- Poverjenica za podporo voditeljem: Sibila Nidorfer
- Poverjenik za odnose z javnostmi: Matej Balantič
Pomoč izvršnemu odboru je strokovna služba ZSKSS:
- Tajnik ZSKSS: Milan Kobal
- Strokovna sodelavka za program in usposabljanje: Sabina Rupnik Suhadolnik
- Strokovna sodelavka za izpeljavo projektov: Barbara Tehovnik